Po zániku Samovej ríše Slovanské kmene v Poddunajskej nížine museli znova niesť bremeno avarského útlaku. Vymanili sa z neho až na sklonku 8. storočia.
V roku 788 pričlenil franský panovník Karol Veľký k svojej ríši bavorské vojvodstvo, ktoré bolo dovtedy aspoň formálne samostatné. Toto územie malo tvoriť nástupný mostík organizovaných výbojov proti Avarom. Už o tri roky neskôr prenikli Karolove vojská pod vedením jeho syna Karola do Panónie, ktorá bola doménou Avarov.
Karol Veľký sa však nedal odviesť od svojho vytýčeného cieľa – konečného víťazstva nad Avarmi. V roku 796 uskutočnili Frankovia rozhodujúcu výpravu proti avarskej ríši. Franskému vojsku velil Karolov syn Pipin, ktorého sprevádzal aj salzburský biskup Arno a ďalší poprední svetskí i cirkevní hodnostári. Vojská zaútočili priamo na sídlo kagana a v lete roku 796 rozvrátili hlavný avarský „hrink“. Veľká časť avarských náčelníkov a ich družín sa dostala do područia Franskej ríše. Len menšia časť sa stiahla za rieku Tisu.

Po rozpade avarskej ríše vznikli v Panónii veľmi priaznivé podmienky pre rozsiahlejšiu misijnú prácu a tak kresťanstvo v ďalšom období sa šírilo medzi Slovanmi na danom území omnoho sústavnejšie ako predtým, takže otázkami misií u nás sa zaoberali aj cirkevné synody. Tak v lete v roku 796 zvolal syn cisára Karola Veľkého do opevneného tábora na brehoch Dunaja synodu, ktorá mala riešiť problémy pokresťančenia predovšetkým slovanského obyvateľstva Panónie.
Misijné pole činnosti medzi podunajskými Slovanmi a Avarmi bolo neobyčajne veľké, takže samotní franskí misionári ho nemohli zvládnuť. Preto bavorskí biskupi prizvali na pomoc aj akvilejského patriarchu Pavlína, ktorý sa zúčastnil na synode v roku 796. Akvilejské kňazstvo malo spolu s franským kňazstvom misijne účinkovať medzi Slovanmi a Avarmi. František Dvorník však uvádza, že sa nám nezachovali správy o výsledkoch práce akvilejských kňazov-misionárov, či už za patriarchu Pavlína (787-802) alebo za jeho nástupcu Ursa.
V zachovaných uzneseniach synody na brehoch Dunaja, ktoré pochádzajú zo zápisu neznámeho notára akvilejského patriarchu Pavlína, sa očividne odráža vplyv Alkuinových výziev k pomeneniu misijných metód. Zhromaždení biskupi na synode vyhlásili, že sa pri christianizácii panónskeho obyvateľstva nemá používať ani hrozba ani fyzické násilie, ale „pred krstom treba poučovať o význame milosti krstu, aby po krste sa zachovali naďalej všetky Božie príkazy. Poučovanie nech je láskavé a dôkladné…“ Výučba katechumenov mala trvať 2-3 alebo i viac týždňov. Ďalej sa o krste rozhodlo, že sa má vysluhovať hromadne, a to na Veľkú Noc a na Turíce.
Panónia po konečnom víťazstve Frankov nad Avarmi prestala byť jednotným územno-správnym celkom a bola v cirkevnom ohľade rozdelená medzi jestvujúce franské (bavorské) biskupstvá. Z iniciatívy Karola Veľkého (r.798) vznikla bavorská cirkevná provincia so strediskom (arcibiskupstvom) v Salzburgu. Podľa všetkého však možno predpokladať, že už na synode v roku 796 bola reč aj o vyčlenení bavorských biskupstiev z jurisdikcie akvilejského patriarchu. Územie Panónie bolo jurisdikčne rozdelené takto: južná časť až po Drávu naďalej patrila akvilejskému patriarchátu, územie medzi Rábou, Blatenským jazerom a Drávou patrilo Salzburgu a územie od Ráby na severozápad Pasovu. Až neskôr (r. 829) sa určili nové hranice medzi Salzburgom a Pasovom. Už v roku 796 dal Karolov syn Pipin príkaz salzburskému biskupovi Arnovi, aby sa „vyučovaním a cirkevnými službami staral o ľud, ktorý z Hunov (Avarov) a Slovanov ostal v oných krajoch“.
Od konca VIII. storočia začali prenikať franské misie nielen k panónskym Slovanom a Avarom, ale aj k slovanským kmeňom, bývajúcim na území našej vlasti. Boli to misie franských kňazov. Tu sa však vynára otázka, ktorá bola v posledných rokoch predmetom veľmi živých diskusií: Účinkovali na území našej vlasti aj íro-škótski misionári? Ich účinkovanie na území Moravy dokazoval J. Cibulka na základe stavebného typu veľkomoravského kostola v Modrej u Velehradu, ktorý datoval okolo roku 800. Cibulkovu teóriu o priamom pôsobení íroškotskej misie na území Moravy zamietli takmer všetci českí archeológovia a historici.
Zaujímavý dôkaz o účinkovaní týchto íroškótskych misionárov na území obývanom Slovanmi priniesol J. Cincík v štúdii o Cuthbertovom Evaneliári. Cuthbertov Evanjeliár je rukopis, pochádzajúci z obdobia okolo roku 800, písaný je íroškotskym písmom. Vzácny rukopis je vyzdobený nielen iniciálkami, ale aj celostránkovými ilustráciami. J. Cincík dôkladne preskúmal rámcové ozdoby a prišiel k záveru, že ich pôvodca, íroškotsky mních, čerpal námety z územia, na ktorom žili Slovania s Avarmi. Podľa názoru J. Cincíka mohlo to byť aj okolie Devína.
V niekdajšej Panónii v priebehu prvého tisícročia po Kr. kresťanstvo až dvakrát zapúšťalo pevnejšie korene. Bolo to predovšetkým vo IV. storočí, keď malo kresťanstvo už pevnú cirkevnú organizáciu v Panónii. Panónske biskupstvá podliehali sirmijskému metropolitovi. Po druhýkrát v IV. storočí, kedy bolo obnovené sirmijské arcibiskupstvo. Ale začiatky tohto druhého rozvoja kresťanského života v Panónii siahajú do posledného desaťročia VIII. storočia a veľké zásluhy na tomto druhom rozšírení kresťanstva v Panónii si získali dve kniežatá pochádzajúce z územia Slovenska: Pribina a Koceľ.